Debido a la gran diversidad de pisos altitudinales que abarca, el departamento presenta una amplia variedad de climas y paisajes.
En las partes más bajas (menos de 2 000 msnm) se dan muchos tipos de climas cálidos, en los pisos intermedios el clima es templado, y en las partes más altas (3 700 msnm a más) reinan las temperaturas frías.
La ciudad del Cusco se ubica en una zona de transición entre la zona templada y la fría, por lo que cualquier época del año es buena para visitarla, ya que goza de un clima seco uniforme en todas las estaciones: soleado en el día y frío en la noche.
La época de lluvias va de diciembre a marzo. La temperatura promedio de la ciudad es de 10.9° C.
