El museo se encuentra en la Plaza San Francisco de la ciudad del Cusco, este es el museo más grande del Cusco, uno de los más atractivos y con mayor afluencia de turistas. Emplazado en el convento franciscano esta acondicionado en los dos pisos del segundo claustro, es decir el antecoro y el coro de la iglesia.
En sus muros se exhiben valiosos lienzos de la Escuela Cusqueña dedicados a pasajes de la vida de San Francisco, los techos del claustro muestran un espectacular trabajo de artesonado en yeso y tallas en madera de cedro. En la pared, que une la primera y la segunda planta, se ubica un gran lienzo el «Árbol Genealógico de la Familia Franciscana”.
En el zaguán principal se admira «Las Postrimerías del Hombre o Juicio Final”. La sala capitular guarda unos 14 lienzos sobre la vida de San Antonio de Padua, entre los que destaca «La Comunión del Burro» o «El Milagro del trigo». Uno de los principales atractivos del museo es la Sillería del Coro, compuesta por ochenta sitiales y la talla de los mártires franciscanos del Japón.
